3.3. Códigos R en Documento R Markdown

Con el paquete rmarkdown puedes crear documentos de análisis dinámicos que combinan código, comandos interpretables (como figuras) y texto redactado. Cuando se interpreta un archivo .Rmd, R Markdown ejecutará cada fragmento de código y colocará los resultados debajo del fragmento de código en su informe final.

Los fragmentos de códigos que se incluyen en el documento base .Rmd, deben incluirse en secciones especiales del documento, que se denominan chunks . En este taller solo tratamos los chunks de R, pero pueden incluirse otros lenguajes como Python.

3.3.1. Creación de un chunk de código R

Al finalizar esta sección podrás crear tus propias secciones de código R (chunks), en un documento R Markdown

Puedes insertar un fragmento de código R usando la barra de herramientas RStudio (el botón Insert) o el atajo de teclado Ctrl + Alt + I (Cmd + Opción + I en macOS).


 

Partes de un chunk

Un chunk está delimitado por tres acentos graves (``` ), al inicio y final del mismo.


 

Además de los indicadores de inicio y fin, el chunk posee otros componentes:

  • un área de opciones de control mediante comandos, que van dentro de {r “aquí van opciones de control”}.
  • tres íconos para control manual del chunk: indicar opciones de los productos del chunk; correr chunks anteriores; correr el chunk.
  • área del código R. que se puede correr por línea o secciones con el menú Run en la barra de herramientas del documento.

El código R que se escriba o copie al área de código del chunk sigue las mismas reglas y formato del código escrito en un archivo de código regular (R Script).


3.3.2. Correr y Controlar la Salida de un chunk.

Al finalizar esta sección podrás correr de diferentes maneras y controlar la salida de un chunk de R

Correr el código total o parcialmente

Para correr todo el código contenido en el chunk puedes usar la cabeza de flecha verde (parte superior derecha del chunk). Para correr solo una parte del código, puedes marcar el código a correr y usar el menú Run, en la barra de herramientas del documento R Markdown. Este menú también tiene otras opciones para correr el código.


Controles de salidas o producción del chunk

El comportamiento y producción de resultados y mensajes del chunk puede controlarse mediante opciones escritas en la zona entre llaves ({r “opciones”}) o usando el menú del ícono de engranaje del chunk:


Aquí se puede controlar si aparecen mensajes o avisos de los paquetes, si se quiere que el código aparezca en la salida o sólo el resultado.